可能有以下几种原因导致采集卡采集电流互感器的输出不对：

1. 电流互感器规格不匹配：电流互感器的额定电流和采集卡的输入范围不匹配，可能会导致采集卡无法正确读取电流互感器的输出信号。

2. 电流互感器接线错误：电流互感器的接线顺序不正确，或者接线松动，可能会导致采集卡无法正确读取电流互感器的输出信号。

3. 电流互感器信号干扰：电流互感器信号可能会受到其他电气设备的干扰，例如电磁场、噪声等，可能会导致采集卡无法正确读取电流互感器的输出信号。

4. 采集卡输入通道故障：采集卡输入通道可能会出现故障，例如损坏、松动等，可能会导致采集卡无法正确读取电流互感器的输出信号。

5. 采集卡设置错误：采集卡的采样率、增益、滤波器等参数设置不正确，可能会导致采集卡无法正确读取电流互感器的输出信号。

针对以上可能的原因，可以逐一排查，并采取相应的措施进行处理，例如更换合适的电流互感器、检查接线情况、增加信号隔离、调整采集卡参数等。